首先，我们需要明确借贷双方之间的协议内容。根据我国《合同法》及相关法律法规的规定，借贷双方应当在借款之初就明确约定好利息的计算方式、支付时间和支付方式等内容，并且这些约定应当以书面形式体现，例如通过借条的形式。因此，在讨论利息问题之前，查看原始的借条或借款协议是非常重要的第一步。
如果借条中明确规定了利息的计算方法和支付条件，则按照约定执行即可。通常情况下，利息会随着本金的归还而相应减少，但具体如何减少则取决于双方的约定。比如，有的借款可能是按月计息，每月支付一次；有的则是到期一次性支付全部利息。
假设双方在借条中没有明确约定利息的支付细节，那么可以参照相关的法律法规来解决。根据《合同法》规定，如果自然人之间的借款合同对支付利息没有约定或者约定不明确的，视为不支付利息。但是，对于金融机构与个人之间的借款，即使没有明确约定，也通常需要支付一定的利息。
此外，还有一种情况是借条中虽然约定了利息，但在实际操作过程中发生了变化。例如，借款人提前还款或逾期还款等情况，这些都可能影响到利息的计算。此时，双方应该协商一致，根据实际情况调整利息的计算方式。
总之，在处理本金已经归还后的利息问题时，首要的是查看原始的借条或借款协议中的约定。如果约定不明，则可以根据相关法律法规来确定是否需要支付利息以及如何支付。在实际操作中遇到特殊情况时，双方应该保持沟通，友好协商解决问题，必要时可以寻求法律帮助，确保双方权益得到保障。